アクセラと+αな生活
アクセラとα350と共に過ごす気まぐれ日記です。
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2010年05月
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Ubuntu 10.04 で xmaxima を使ってみる。
Ubuntu 10.04 で wxMaxima を使ってみる(その1)。では、「wxMaxima」を使ってみましたが、「Maxima」には他にもフロントエンドがあります。

では、 「Maxima」のフロントエンドである、「xmaxima」を使ってみましょう。




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Ubuntu 10.04 で wxMaxima を使ってみる(その1)。の続きです。



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「wxMaxima」はとんでもない電卓。。。
数式処理ユーティリティなので、電卓では失礼かもしれません。

ちょっと使ってみましたが、高機能すぎて。。。><;


とりあえず、使ってみましょう。




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Ubuntu 10.04 で qgfe を使ってみる。
Linux では、「GNUPlot」という有名なグラフ描画ユーティリティです。

ただ、「GNUPlot」は CUI のため、「GNUPlot」独自のコマンドでグラフを作成する必要があります。
つまり、独自のコマンドを覚えておく必要があるということです。

私も何度か使ったことがありますが、簡単な数式なら問題ないのですけど、ちょっと複雑なことを使用すれば、数式やコマンドが少しややこしいと感じます。


「qgfe」は「GNUPlot」の GUI フロントエンドです。

GUI フロントエンドがあれば、少しは楽にグラフ作成ができるかも??
「qgfe」は今まで使ったことがないので、どんなものなのかは私も使ってみないと分かりません。

では、「GNUPlot」の GUI フロントエンドである「qgfe」を使ってみましょう。



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「Avogadro」は分子エディタ、つまり、分子のお絵かきソフトです。

「PyMOL」ほど機能豊富ではありませんが、簡単な分子を作成するのであれば、「Avogadro」の方が使いやすいかもしれません。
3Dで分子を作成できる割には「Avogadro」は操作が非常に簡単ですので、分子の作成という意味では、良ユーティリティといえるでしょう。


簡単な分子作成⇒「Avogadro」、複雑で高度な処理、分子ビュー⇒「PyMOL」といったところ。


では、「Avogadro」を使ってみましょう。




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Ubuntu 9.10 で paco を使ってみる(その1)。の記事で記載していますが、Ubuntu 9.10 ではパッケージ化されていなかった「paco」と「gpaco」。。。

9.10 の時はライブラリの依存関係で「gpaco」はセットアップしませんでした。
(依存解消させるのが面倒そうだったので。。。)

Ubuntu 10.04 ではパッケージ化されているので、セットアップしてみましょう。



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Ubuntu 10.04 で Poedit を使ってみる。
Ubuntu 10.04 で GPeriodic を使ってみる。で、日本語化されていない「GPeriodic」を一部日本語化してみました。

Ubuntu は利用ユーザも多いので、日本語化されているアプリケーションが比較的多いといえますが、日本語化(ローカリゼーションによる日本対応)されていないアプリケーションも多々あります。

ローカリゼーション方法はアプリケーションによってさまざまですが、「.mo」(バイナリファイル)を利用しているアプリケーションもあります。


「Poedit」は「.po」(「.mo」の変換前のカタログデータ)の編集が行えるエディタです。
直接ファイルを編集してもできますが、「Poedit」を利用すれば、GUI 環境で作業効率もあがることでしょう。


では、「Poedit」を使ってみましょう。



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「スイヘーリーベボクノフネ。。。」
元素の周期の勉強は苦労したものです。。。


「GPeriodic」は元素周期表を表示してくれるユーティリティです。
「PyMOL」などで、分子を扱うには基本的な原子くらいは知っておかないといけません。


学生に戻った気持ちになって、「GPeriodic」の元素周期表を見てみましょう。


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「PyMOL」は分子を見るだけでなく、作成、変更などもできてしまうすごいユーティリティです。

せっかくなので、「PyMOL」で分子を作ってみましょう。

作るといっても、簡単な分子レベルですけど。。。
本格的な蛋白質を作るには知識が不足してます。。。><;



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「PyMOL」で表示された分子を画像として保存するにも、デフォルトのままだと味気なかったりします。

いろいろと変更して、遊んでみましょうww




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元素記号や化学反応式を習ったのは、中学だったでしょうか。。。

2H2(水素) + O2(酸素) → 2H2O(水)

なんて元素記号が出てくる式ですね。
(Mol とかの物質量になると高校かな??)


Ubuntu 10.04 で PyMOL を使ってみる。
で分子構造を可視化したので、今度はその分子(PDB)を作ってみましょう。

「PDB」ファイルは固定長フォーマットフラットファイルなので、エディタでも作成できますが、面倒です。
「xdrawchem」は「化学構造および化学反応エディタ」となっているので、GUI で簡単に PDB ファイルを作成できます。

では、「xdrawchem」を使って、2次元の簡単な分子構造の PDB ファイル(「xdrawchem」は2次元しか作成できない)を作成してみましょう。




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Ubuntu 10.04 で PyMOL を使ってみる。でインストールした「PyMOL」。。。

やはり難しいですね。

「PyMOL」をいろいろ試してみながら、勉強中といったところです。

で、今回はインストールした「PyMOL」を利用して、分子の動く動画を作成してみましょう。

ちなみに、よく分からない部分も多々あります。。。



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Ubuntu 10.04 で RasMol を使ってみる。
Ubuntu 10.04 で Garlic を使ってみる(その1)。での 「Garlic」と同様に、「RasMol」も蛋白質などの分子を視覚化してくれるユーティリティです。


では、「RasMol」を使ってみましょう。






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Ubuntu 10.04 で PyMOL を使ってみる。
Ubuntu 10.04 で Garlic を使ってみる(その1)。では、「Garlic」を使って、蛋白質などの分子を視覚化してみました。

このような分子を視覚化してくれるユーティリティは他にもあります。
今回は、「PyMol」を使ってみます。

「Garlic」に比べると、マウスで操作できる分「PyMOL」が使いやすいのですが、機能が多いので難しいですね。


では、「PyMOL」を使ってみましょう。




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Ubuntu TIPS集(Man の活用)
仕事中のひとコマ。。。

新入社員:「○○について、分からないのです、教えて下さい」
:「マニュアルは見た?ネットで何か情報はなかった?何が分からないのか、分からない部分を具体的に教えて」
新入社員:「マニュアルは見てないです、ネットは英語でよく分からないのです」
:「じゃあ、どの部分が分からないの?」
新入社員:「。。。よく分からないです」

このようなやり取りが一番面倒だったりしますね。
質問するのはいいけど、何が分からないかということすら分からない状態なので、答える側も何を答えたらいいのやら。。。困ってしまいます。


自分で調べて、理解できたこと、理解できなかったこと、くらいの切り分けはして欲しいですね。
で、質問する場合は、何が問題になっているのか、何が分からないのか。。。ということを具体的に相手に伝えないと、質問さえる側も状況が理解できません。
質問される、答える側は神様じゃないので、具体的に内容を伝えないと、理解してもらえないですからね。

そういう質問下手な人に限って、何度も何度も同じような質問をしたりしてくれます。。。



さておき。

Unix 系 OS には「man」というマニュアルを見るコマンドがあります。
通常は「man <マニュアルページ>」という使い方をします。

「man で検索ができるなんて、知らなかった」なんて人もいたので、「man」の使い方をおさらいしてみましょう。

「man」の使い方くらい知ってる。と言う方は読み飛ばして下さい。




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SETI@home のサーバダウン??
BOINC で SETI@home と Einstein@Home というプロジェクトに参加しているのですが、昨日くらいからずっと Einstein@Home のタスクばかり処理している状態。。。

リソースの割り当ては、SETI@home を80%、Einstein@Home を20% にしているので、Einstein@Home のタスクばかりにはならないはずなんですけど???




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Ubuntu 10.04 で Garlic を使ってみる。で 「Garlic」を使ってみました。

インストール時にいくつかの分子構造のサンプルデータが付属しました。
分子構造データは「.pdb」となっており、これは「蛋白質構造データバンク」のデータで記述されています。

ですので、「PDB」形式(「蛋白質構造データバンク」のデータ)のデータ形式であれば、「Garlic」も読み込んでくれます。





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「Garlic」は 分子の視覚化プログラムです。

「CO2」や「H2O」などの分子って、習ったのは中学くらいですかね。。。
その分子をグラフィックで表示してくれるのが、「Garlic」です。

基本的な操作は「Garlic」用のコマンドで行うため、慣れないとちょっと難しいです。。。><;
慣れれば、本格的な科学の知識がなくても、簡単な操作くらいはできます。
(コマンド入力は、ちょっと面倒ですけどね。。。)

では、「Garlic」を使ってみましょう。



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SF の世界では、光の速さであったり、光の速さを超えたワープなんてものでの宇宙旅行がつきものです。
残念ながら、今の科学では光の速さでの宇宙旅行は夢の話ですけど。。。。

夢の話とはいえ、Ubuntu で光の速さを体感してみることはできます。
「Light Speed!」は高速移動している物体が、どのように見えるかをシミュレートしてくれるプログラムです。

「Light Speed!」を利用すれば、お手軽に光の速さの世界にww


では、「Light Speed!」を使ってみましょう。



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Ubuntu 10.04 初期設定
Ubuntu 10.04 LTS 新規インストール(RAID1 + LVM:その1)では、Ubuntu 10.04 を新規インストールしました。

新しく OS を入れると、最低限の設定や利用するソフトウェアをインストールしておかないといけません。

で、初期設定を行ったときのメモえです。




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Ubuntu Desktop 日本語 Remix(http://www.ubuntulinux.jp/products/JA-Localized/download) にも、10.04 が追加されていますね。


日本語 Remix を利用してのインストールは非常に簡単ですね。
しかも、日本用のカスタマイズが行われているため、インストール後にカスタマイズを行わなくてすみます。


では、「Ubuntu Desktop 日本語 Remix」を利用してインストールしてみましょう。



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Ubuntu 10.04 LTS 新規インストール(RAID1 + LVM:その2)の続きです。


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Ubuntu 10.04 LTS 新規インストール(RAID1 + LVM:その1)の続きです。



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9.10 から 10.04 へのアップグレードしてから、順調に稼働中の Ubuntu 君。
テスト用の環境として、もう1環境欲しい。。。

ですので、10.04 を新規インストールして、環境を構築してみます。
ただ単にインストールするだけでは、芸がないので、RAID1(ミラーリング)と LVM(Logical Volume Manager)で構築してみましょうww

RAID1 で構築した RAID 領域に LVM をのっけてしまうという豪華絢爛な構成です。

RAID1 で冗長化しているため、ディスクの単一障害(2玉構中、1玉がダウン)が発生しても、システム、業務は稼動し続けます。
ただし、ディスクの多重障害(2玉構中、2玉ともダウン)の場合はシステムもダウンしてしまいます。
ダウンした物理ディスクを交換する際は、システム停止が必要になりますけどね。。。

また、全ての領域を LVM 化するため、将来的にディスクが枯渇しても、ディスク増設さえすえば、比較的簡単に LV(論理ボリューム)領域を拡張できます。
また、LV 領域の拡張はシステムを停止することなく行えます。


※RAID、LVM は非常に高度なディスク操作になります。
よく分からない場合は、RAID、LVM は利用しないようにして下さい。
 



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SETI@home で CUDA を利用してみる。
Ubuntu 9.10 で BOINC に参加してみる。では、Ubuntu で BOINC を利用して、SETI@home プロジェクトへ参加しました。

BOINC は Windows マシンでも利用できるので、今度は Windows マシンで BOINC を利用してみます。
ただ、Windows マシンで BOINC を利用するだけではつまらないので、「CUDA」を使用した場合としない場合で比較してみます。



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うちの Ubuntu 君は 9.10 から 10.04 へアップグレードしております。

概ね順調なのですが、起動画面(Plymouth)が Kubuntu になってしまいます。。。><;




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「ブログ通信簿サービス」(http://blogreport.labs.goo.ne.jp/tushinbo.rb)はブログの年齢、性別や特徴を推測して、「通信簿」を作成してくれるサイトです。

通信簿は直近10件のブログ記事から判断しているので、ブログを更新するたびに表示内容は変わります。


サイトにアクセスして、ブログの URL を入力するだけなので、気軽に楽しめます。



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ブログで記事を書いているからには、いろいろな人に見てもらいたいし、人気があるのかなども気になります。

せっかく書いているのに、誰も見てくれてないのは悲しいでしょうし。。。

「TopHatenar」(http://tophatenar.com/)では、ブログの「購読者数」と「ブックマーク数」で評価してくれるサイトです。

うちのブログはどうなんでしょう。。。
「TopHatenar」でみてみましょう。




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とうとう、Ubuntu 10.04 LTS が正式リリースされました。

Ubuntu は通常、6ヶ月ごとのバージョンアップが行われ、年、月がバージョンに使用され、サポート期間は18ヶ月になります。
(20104月のリリースなので、10.04 というバージョンになってます)


LTS と言うのは、「Long Team Support」のことで、長期サポートが行われるバージョンです。
LTS は前回が 8.04 であったことで分かるように、2年ごとに LTS がリリースされます。
(Canonicalが2年ごとにリリースすると決めている決め事。。。)

分かりやすくに言えば、Ubuntu は1年半のサポートを持つバージョンが半年ごと、3年の長期サポートを持つバージョンが2年ごとにリリースされるということです。


うちの Ubuntu 君は 現在、9.10。。。
せっかくなので、10.04 へアップグレードしてみましょう。


※アップグレードは必ず成功するとは限りませんし、アップグレードできてもアプリケーションに問題が発生する可能性があります。
アップグレード前にはバックアップを行い、何か問題が発生したら、元にリストアできるようにしておきましょう。


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Ubuntu 9.10 で Octave を使ってみる。
「Octave」は対話型インタプリタの電卓というところでしょうか。
数値計算ができるインタプリタ言語です。
使い方次第で、連立方程式も解いてしまうようです。。。


「rCalc」でも式を使った計算が行えますが、「Octave」は機能的に「rCalc」の上位版といったところです。

ちょっと使ってみましたが、文系の私にはエグイ。。。><;





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