アクセラと+αな生活
アクセラとα350と共に過ごす気まぐれ日記です。
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「Garlic」は 分子の視覚化プログラムです。

「CO2」や「H2O」などの分子って、習ったのは中学くらいですかね。。。
その分子をグラフィックで表示してくれるのが、「Garlic」です。

基本的な操作は「Garlic」用のコマンドで行うため、慣れないとちょっと難しいです。。。><;
慣れれば、本格的な科学の知識がなくても、簡単な操作くらいはできます。
(コマンド入力は、ちょっと面倒ですけどね。。。)

では、「Garlic」を使ってみましょう。



【インストール】
「Garlic」はパッケージ化されているので、「APT」でインストールします。


$ sudo apt-get update

~ 略 ~

$ sudo apt-get install garlic
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています
状態情報を読み取っています... 完了
提案パッケージ:
garlic-doc openbabel
以下のパッケージが新たにインストールされます:
garlic
アップグレード: 0 個、新規インストール: 1 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
246kB のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 958kB のディスク容量が消費されます。
取得:1 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/universe garlic 1.6-1 [246kB]
246kB を 2s で取得しました (117kB/s)
未選択パッケージ garlic を選択しています。
(データベースを読み込んでいます ... 現在 251905 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
(.../archives/garlic_1.6-1_i386.deb から) garlic を展開しています...
man-db のトリガを処理しています ...
menu のトリガを処理しています ...
python-gmenu のトリガを処理しています ...
Rebuilding /usr/share/applications/desktop.ja_JP.utf8.cache...
desktop-file-utils のトリガを処理しています ...
python-support のトリガを処理しています ...
garlic (1.6-1) を設定しています ...

menu のトリガを処理しています ...

これでインストールは完了です。
インストール時にメニュー登録されるので、Gnome の場合、「アプリケーション」-「科学」-「Garlic Protein Visualisation」で起動します。

garlic_20100505_001.jpg



【使い方(画面構成、基本)】
まずは画面構成から、見てみましょう。
garlic_20100505_002.jpg

 ・メインのウィンドウ
  対象の分子が表示されるエリアです。

 ・物体の操作
  対象の分子を回転させたり、移動させたりできます。

 ・SLAB と色効果
  表示範囲や色(影)を調整できます。

 ・情報の表示
  選択した原子の情報が表示されます。

 ・コマンドエリア
  「Garlic」で実行するコマンドを入力します。

画面構成は上記になります。
コマンドエリアに実行するコマンドを入力し、物体の操作で角度を変えたり、ズームイン、ズームアウトを行って、グラフィック化された分子を見る。。。
というのが、基本的な使い方です。



【Garlic コマンド】
残念ながら、下図のようにコマンドを実行しなければ、「Garlic」では何もできません。
garlic_20100505_003.jpg

「Garlic」では、操作の簡略化のため、多くのコマンドは頭の3文字で実行できるようになっています。
例えば、「load」であれば、「loa」と入力しても、同様の動作になります。

では、基本的なコマンドを使ってみましょう。


○終了(exit、quit)
終了は「exi」(exit)、または、「qui」(quit)です。
「exi」、または、「qui」で「Garlic」のウィンドウが閉じます。


○初期化(初期画面の表示 discard all)
「dis all」(discard all)で表示されている分子(ストラクチャー)を全てクリアして、「Garlic」を起動時の状態に戻してくれます。


○バックボーンの作成(backbone)
現在表示されている分子の上にバックボーンを作成するには「bac」を実行します。
バックボーンをクリアするには、「bac off」を実行します。


○分子データの読込み(load)
「loa <分子データ>」で分子ファイルを読み込み、表示します。

分子データは「○○.pdb」というファイルになります。
インストール時のサンプルは「/usr/share/doc/garlic/examples/」に保存されているので、「loa /usr/share/doc/garlic/examples/○○.pdb」を実行すれば、サンプルを読み込んでくれます。


○スクリプトファイルの読込み(exec)
「Garlic」は「Garlic」のコマンドをスクリプト化することもできます。
「exe <スクリプトファイル>」でスクリプトファイルを実行します。

インストール時のサンプルは「/usr/share/doc/garlic/examples/」に保存されているので、「exe /usr/share/doc/garlic/examples/○○.script」を実行すれば、サンプルのスクリプトを実行してくれます。



これくらいのコマンドは、「Garlic」を利用する上で、最低限必要になります。

あとは、
 「ato」(atom):原子の表示を変える
 「col」(color):原子の色を変える
 「bon」(bonds):原子間の結線の太さを変える
 「bg」(background):背景の色を変える
。。。などでいろいろ遊べます。

他のコマンドや詳細な使い方はGarlic Commands(http://msg.ucsf.edu/local/programs/garlic/commands/index.html)を参照して下さい。


なお、load や exec にはサーチパスを指定することもできます。

http://msg.ucsf.edu/local/programs/garlic/commands/loa.html の抜粋

SEARCH PATH
One or more directories will be searched to find the specified file, in the following order:

(1) the current working directory;
(2) directory specified in the environment variable MOL_DIR;
(3) all directories specified in the environment variable MOL_PATH.

The recommended environment variable is MOL_PATH.

環境変数として、「MOL_PATH」を使うことが推奨されているようですね。

「Garlic」のサンプルデータは「/usr/share/doc/garlic/examples/」に保存されているので、サンプルの保存されている「/usr/share/doc/garlic/examples/」、データを保存しているディレクトリなどを「export」してから「Garlic」を起動すれば、いちいちパスを入力せずにファイルの読込みができるようになります。

「Garlic」をよく利用するなら、「~/.bashrc」で「export」しておいたり、簡単な「Garlic」の起動シェルスクリプト(export と garlic を起動するだけ。。。)を作成しておくといいでしょう。

「export」後に「Garlic」を起動させる例(「~/garlic」と「/usr/share/doc/garlic/examples」(サンプル)にサーチパスを指定)

$ export MOL_PATH="$HOME/garlic:/usr/share/doc/garlic/examples"
$ garlic


起動シェルの例(「~/garlic」と「/usr/share/doc/garlic/examples」(サンプル)にサーチパスを指定)

#!/bin/bash

export MOL_PATH="$HOME/garlic:/usr/share/doc/garlic/examples"
/usr/bin/garlic







コマンドでの操作がネックになりますね。。。
コマンド入力でファイル名の補完機能がないので、サーチパスを切ってない場合にファイルを指定するのがちょっと面倒です。
「bash」(Ubuntu の場合は正確には Debian 用の dash だったかな?) のファイル名補完に慣れ切ってしまっている身にはちょっとキツイ。。。><;
せめて、ファイルを開く(分子(ストラクチャー)の読込みやスクリプトの実行)はメニューなどから呼び出して、ファイルを選択するダイアログで選択できるようになると、いいんですけどね。



【Garlic】
Garlic 1.6:http://msg.ucsf.edu/local/programs/garlic/index.html
Garlic Commands(Garlic 1.6):http://msg.ucsf.edu/local/programs/garlic/commands/index.html
Garlic Tutorial(Garlic 1.6):http://msg.ucsf.edu/local/programs/garlic/tutorial/index.html



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