アクセラと+αな生活
アクセラとα350と共に過ごす気まぐれ日記です。
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Ubuntu 10.04 で Garlic を使ってみる。で 「Garlic」を使ってみました。

インストール時にいくつかの分子構造のサンプルデータが付属しました。
分子構造データは「.pdb」となっており、これは「蛋白質構造データバンク」のデータで記述されています。

ですので、「PDB」形式(「蛋白質構造データバンク」のデータ)のデータ形式であれば、「Garlic」も読み込んでくれます。





PDB データは日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)(http://www.pdbj.org/index_j.html)などから、ダウンロードすることができます。
他にもダウンロードできるサイトがあります。


で、適当なたんぱく質をダウンロードして、「Garlic」で表示させてみました。
garlic_20100509_100.jpg

う~ん、ここまでになると、複雑すぎて、何がなんだかよく分かりません。

数千行の PDB データファイルもストレス無く表示してくれますし、図のアングルやらを操作してもそこそこ動いてくれます。
「Garlic」は結構優秀なソフトのようです。


ちなみに、下図は、遺伝情報で有名な DNA(デオキシリボ核酸)を構成している蛋白質の一つ(PDB ID:102d)です。
garlic_20100509_101.jpg

DNA 独特の二重螺旋構造になってます。
グリグリ回すと、何となく螺旋になっているのが分かるのですが、静止状態だと、ちょっとわかりにくいですね。




基本的に、本格的に勉強、研究されている人向けなソフトですね。。。
原子構造のグラフィックを壁紙にでも使えないかと、不純な動機で「Garic」を使っている私には、ここまで複雑になると理解の域を超えてしまってます。。。><;


PDB には 「ID」(ユニークキー)が割り当てられていますので、「ID」さえ分かれば、目的の蛋白質をすぐに探すことができます。
まあ、適当に検索していれば、いろいろな蛋白質をダウンロードできることでしょう。


Molecule of the Month(http://www.pdb.org/pdb/motm.do)(日本語で言えば、「今月の分子」ってところでしょう)というのがありました。
月ごとに、特定の分子や蛋白質を取り上げて、説明されており、DNA に関する記載(http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb23_1.html)もありました。

他にもアルコール分解酵素(Alcohol Dehydrogenase:http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb13_1.html)やメタボ検診なんかで出てくるアルブミン(Serum Albumin:http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb37_1.html)HIV(HIV-1 Protease:http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb6_1.html)のお話など、さまざまな説明があります。

結構、ためになるかもww




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