アクセラと+αな生活
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Ubuntu 10.04 で RasMol を使ってみる。
Ubuntu 10.04 で Garlic を使ってみる(その1)。での 「Garlic」と同様に、「RasMol」も蛋白質などの分子を視覚化してくれるユーティリティです。


では、「RasMol」を使ってみましょう。






【インストール】
「RasMol」はパッケージ化されているので、「APT」でインストールします。


$ sudo apt-get update

~ 略 ~

$ sudo apt-get install rasmol
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています
状態情報を読み取っています... 完了
以下の特別パッケージがインストールされます:
libcbf0 libcvector2
提案パッケージ:
rasmol-doc
以下のパッケージが新たにインストールされます:
libcbf0 libcvector2 rasmol
アップグレード: 0 個、新規インストール: 3 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
1,501kB のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 3,645kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか [Y/n]? y
取得:1 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/universe libcbf0 0.7.9.1-3 [107kB]
取得:2 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/universe libcvector2 1.0.3-1 [4,410B]
取得:3 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/universe rasmol 2.7.5-1 [1,390kB]
1,501kB を 10s で取得しました (148kB/s)
未選択パッケージ libcbf0 を選択しています。
(データベースを読み込んでいます ... 現在 252523 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
(.../libcbf0_0.7.9.1-3_i386.deb から) libcbf0 を展開しています...
未選択パッケージ libcvector2 を選択しています。
(.../libcvector2_1.0.3-1_i386.deb から) libcvector2 を展開しています...
未選択パッケージ rasmol を選択しています。
(.../rasmol_2.7.5-1_i386.deb から) rasmol を展開しています...
python-gmenu のトリガを処理しています ...
Rebuilding /usr/share/applications/desktop.ja_JP.utf8.cache...
desktop-file-utils のトリガを処理しています ...
man-db のトリガを処理しています ...
menu のトリガを処理しています ...
python-support のトリガを処理しています ...
libcbf0 (0.7.9.1-3) を設定しています ...

libcvector2 (1.0.3-1) を設定しています ...

rasmol (2.7.5-1) を設定しています ...
update-alternatives: using /usr/bin/rasmol-gtk to provide /usr/bin/rasmol (rasmol) in auto mode.

libc-bin のトリガを処理しています ...
ldconfig deferred processing now taking place
menu のトリガを処理しています ...

これでインストールは完了です。
インストール時にメニュー登録されるので、Gnome の場合、
 ・「アプリケーション」-「科学」-「RasMol (GTK Version)」
 ・「アプリケーション」-「科学」-「RasMol (classic Version)」
で起動します。


【使い方】
ここでは、「RasMol (GTK Version)」を使用します。

起動時には「command prompt」は非表示になっています。
「command prompt」は「RasMol」のコマンド入力だけでなく、情報も表示されるので、表示しておくといいでしょう。
「command prompt」の表示は、メニューより、「View」-「command prompt」で行います。
rasmol_20100915_001.jpg


○ファイルのオープン
「File」-「Open」で表示するファイルを読み込みます。
ファイルを選択するダイアログが表示されるので、対象のファイルを選択し、読み込みます。
rasmol_20100915_004.jpg


○表示の操作
基本的には、マウスのドラッグで分子を回転させたりします。

マウスの左ボタンのドラッグで、表示されている分子を回転させます。
マウスの右ボタンのドラッグで、表示されている分子を移動させます。
「Shift」+左ボタンのドラッグで、ズームイン、ズームアウトを行います。


○表示の変更
表示方法の変更は、メニューバーの「Display」より行います。
「Wireframe,」「Backbone」、「Sticks」、「Spacefill」、「Ball & Stick」、「Ribbons」、「Strands」「Cartoons」、「Molecular Surface」などから選択します。
rasmol_20100915_003.jpg


下図は「Sticks」を表示させた場合です。
rasmol_20100915_002.jpg


○色の変更
色の変更は、メニューバーの「colour」より行います。
rasmol_20100915_005.jpg
「Monochrome」、「CPK」、「Shapely」、「Group」、「Chain」、「Temperature」、「Structure」、「User」、「Model」、「Alt」から選択します。

下図は「Temperature」を選択した場合です。
カラフルすぎな感じですけどね。。。
rasmol_20100915_006.jpg


○Options
「Options」メニューで分子の表示設定を変えれるようです。
ですが、何が変わるのかよく分からないものがあったりします。


○画像として保存
メニューから「File」-「export」で、表示されている分子を画像ファイルとして保存できます。
rasmol_20100915_007.jpg

ファイル形式やファイルサイズを指定することで、任意の画像として保存できます。







メニューから選択できる操作は基本的な操作に限定されます。
ちょっと高度な操作をする場合は、コマンド操作になるようです。

「あの操作は何のコマンドだったっけ??」となりますので、もう少し、GUI でいろいろ操作できると便利なのですけどね。



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