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Ubuntu 10.04 で PyMOL を使ってみる。でインストールした「PyMOL」。。。

やはり難しいですね。

「PyMOL」をいろいろ試してみながら、勉強中といったところです。

で、今回はインストールした「PyMOL」を利用して、分子の動く動画を作成してみましょう。

ちなみに、よく分からない部分も多々あります。。。



【動画の作成】
「PyMOL」での動画作成ですが、大きな流れとしては、
 ・分子データの読込み(load)
 ・フレームの作成(mset)
 ・分子の動作の指定(util.mroll、util.mrockなど)
 ・アニメーション画像の保存
 ・アニメーション GIF へのコンバート
となります。


○分子データの読込み(load)
分子データファイルを読み込みます。


○フレームの作成(mset)
「PyMOL」で動画を作成するためには、フレームを作成する必要があります。
簡単に言えば、動画の入れ物を作成することです。
フレームの作成は「mset」で行います。


※10フレーム作成する場合
PyMOL>mset 1 x10


正常にフレームが作成できると、フレーム数が表示されます。
pymov_20100516_001.jpg

フレーム数を変更する場合、再度「mset」を実行すれば、変更できます。


○分子の動作の指定
振動の場合は「util.mrock」、回転の場合は「util.mroll」というコマンドを利用します。

 ・振動動作設定
  「util.mrock」は
   util.mrock(<最初のフレーム番号>,<最後のフレーム番号>,<振動角度>,1,1)
  というように使います。
  (最後の「1,1」は何の値か不明。。。)


※振動角度を100度として、10フレームの動作設定
PyMOL>util.mrock(1,10,100,1,1)

※振動角度を20度、軸をX軸として、10フレームの動作設定
PyMOL>util.mrock(1,10,20,1,1,'x')

※振動角度を30度、軸をZ軸として、11フレームから20フレームの動作設定
PyMOL>util.mrock(11,20,30,1,1,'z')


 ・回転動作設定
  「util.mroll」は
   util.mroll(<最初のフレーム番号>,<最後のフレーム番号>,1)
  というように使います。
  (最後の「1」は何の値か不明。。。)


※10フレームの動作設定
PyMOL>util.mroll(1,10)

※20フレームの動作設定、X軸で回転
PyMOL>util.mroll(1,20,1,'x')

※11フレームから20フレームの動作設定、Y軸で回転
PyMOL>util.mroll(11,20,1,'y')

※20フレームの動作設定、Z軸で回転
PyMOL>util.mroll(1,20,1,'z')


これで、動作設定ができました。
どのような動作になるかを確認してみましょう。

再生、ストップボタンをクリックすれば、作成した動作を再生、停止できます。
pymov_20100516_002.jpg


コマンドで行う場合は、
 「PyMOL>mplay」で再生
 「PyMOL>mstop」で停止
できます。


○アニメーション画像の保存
作成した動作の動画を保存します。

動画としての保存は、メニューより「File」-「Save Movie As」-「PNG Images」で行います。
(「MPEG」を指定するとアドオンがインストールされていないというメッセージが表示され、保存できないので、「png」で保存します)
ファイル名に連番が付加した、各フレームごとの「png」(画像ファイル)ファイルとして保存されます。

コマンドで行う場合は「mpng」を使用します。



○アニメーション GIF へのコンバート
上記では、ただの画像ファイルとして保存されているだけであり、動画にはなってません。

画像ファイルから動画を作るユーティリティはいろいろありますので、使いやすいユーティリティを使って下さい。
ここでは、「convert」を利用して、アニメーション GIF へ変換することにします。
(「convert」(ImageMagick)は Ubuntu 10.04 では、標準でインストール済みです)


$ convert -loop 0 -delay 10 xxxxx*.png 変換後のGIF.gif

 「-loop」は繰り返し回数で、0の場合は無制限の繰り返しになります。
 「-delay」は次のフレームを表示させるまでの時間になります。
 各 png ファイルの結合は、面倒なので、ワイルドカードで一括指定(連番部分でワイルドカードを指定)してます。

これで、アニメーション GIF が作成できます。




ためしに作成したのはこんな動画です。
ブログへのアップロード用のため、解像度、フレーム数は落としてますので、少しぎこちないです。

102d_roll.gif
DNA 独特の螺旋がグルグル回ってます。
ブログ用でない、解像度がそのままの動画は結構キレイにできてますww

解像度やフレーム数などを調整してキレイな動画にしたり、動作設定を変えてみれば、いろいろな動画が楽しめるでしょうww


動画設定は、「util.mroll」、「util.mrock」を使用しましたが、「movie.roll」、「movie.rock」でも、同様の動作になるようです。
他にも「movie.zoom」などありますので、いろいろな動作設定を行うことができそうです。


【PyMOL】
Users Manual(MOVIE):http://pymol.sourceforge.net/newman/user/S0300movies.html#11_1


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動画撮ってきた取り敢えず。でも一度に全部エンコすると音が盛大にずれる。ひとつずつエンコしても結合に失敗する。編集しようとするとエラ...
2010/05/20(木) 00:31 | 動画と画像
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