アクセラと+αな生活
アクセラとα350と共に過ごす気まぐれ日記です。
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「PyMOL」で表示された分子を画像として保存するにも、デフォルトのままだと味気なかったりします。

いろいろと変更して、遊んでみましょうww




○レイトレーシング(Ray-Tracing)の利用
普段見ている分子の図は角張っていたりするので、あまりキレイではありませんね。
レイトレーシングを利用すれば、角のとれた、高品質の画像を表示できます。

レイトレーシングを利用するには、「Ray」をクリックするか、「PyMOL」のコマンドとして「ray」を実行します。

ただし、「PyMOL」の標準はレイトレーシングがオフ状態になります。
分子を動かしたりすると、レイトレーシングはすぐにオフ状態になるので、キレイが画像にしたい時、毎回、レイトレーシングを行わなければいけません。

pymol_20100509_100.jpg

PyMOL>ray
Ray: render time: 1.80 sec. = 1997.3 frames/hour (50.30 sec. accum.).


レイトレーシング:オフ状態
pymol_20100509_101.jpg

レイトレーシング:オン状態
pymol_20100509_102.jpg

レイトレーシングを行うと、美しいですねww


○背景色の変更
メニューバーの「Display」-「Background」で白、黒、グレーなどが選択できます。
モノトーンの背景だけでは、ちょっとレパートリーが少なすぎですね。。。

「PyMOL」のコマンドを利用すれば、RGB 指定で背景色を設定できるようです。


背景を赤(RGB:255,1,1)に指定する場合

PyMOL>set bg_rgb=(255,1,1)
Setting: bg_rgb set to [ 255.00000, 1.00000, 1.00000 ].

pymol_20100509_103.jpg
赤はビビッドすぎるので、例としては微妙ですね。。。><;


○背景を透過にする
画像を他で利用するため、背景を透過させたい場合もありますね。
「PyMOL」で保存後、画像ソフトを利用して、透過にしてもいいですが、「PyMOL」上で背景を透過させることもできます。

メニュー上には背景の透過が見当たらない(見つけられないだけで、あるのかも。。。メニューでは分からなかった)ので、「PyMOL」のコマンドで実行します。


背景を透過にする場合
PyMOL>set ray_opaque_background, 0
Setting: ray_opaque_background set to 0.
PyMOL>ray
Ray: render time: 1.55 sec. = 2323.8 frames/hour (46.99 sec. accum.).

背景を非透過にする場合
PyMOL>set ray_opaque_background, 1
Setting: ray_opaque_background set to 1.
PyMOL>ray
Ray: render time: 1.51 sec. = 2389.4 frames/hour (48.50 sec. accum.).

背景が透過状態になれば、市松模様(画像ソフトなんかでよく見かける透過の格子模様)になります。
pymol_20100509_104.jpg

「ray」を実行して、再度、レイトレーシングを行わないと反映されないようです。
こちらも分子を動かしてしまうと、すぐに、非透過状態に戻ってしまいます。


○表面などの透過
「surface」を表示してしまうと、中の「stick」などが隠れてしまいます。
メニューの「Setting」-「Transparency」を利用すれば、「Surface」、「Stick」などのオブジェクト毎に、透過の設定を行うことができます。

pymol_20100509_105.jpg

透過度を 6 段階に指定(OFF は非透過、透過度を 100% にしたければ、非表示にすればいいだけ)できるので、普通に使うには十分ですね。

「Surface」を透過度 50% で表示してみた例です。
pymol_20100509_106.jpg

ちゃんと中身が見えてますねww
胃の中でカプセルが溶けて、カプセルの中のお薬が浸透していく状態みたいに見えます。。。


「Ribbon」や「Cartoon」だけを透過させたりすると、違った見え方になりますww





う~ん、「PyMOL」は奥が深いですね。。。







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