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アクセラと+αな生活
アクセラとα350と共に過ごす気まぐれ日記です。
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「PyMOL」は分子を見るだけでなく、作成、変更などもできてしまうすごいユーティリティです。

せっかくなので、「PyMOL」で分子を作ってみましょう。

作るといっても、簡単な分子レベルですけど。。。
本格的な蛋白質を作るには知識が不足してます。。。><;



【分子の作成】
何を作ってもいいのですけど、変わったところで、二日酔いの原因の1つである「アセトアルデヒド」(CH3CHO)を作ってみます。

どんな分子構成なんでしょうか。。。
「Atomix」(原子を動かして、分子を作成するパズルゲーム)でみてみます。
pymol_20100509_200.jpg

こんな物質が二日酔いや悪酔いの原因なのですね。。。

では、作成してみましょう。
ここでは、基本的な作り方のみ記載してますので、本格的な蛋白質を作る場合は専門家にお知恵を拝借しなければ難しいでしょう。。。
(私は文系の人間ですし、蛋白質の専門家ではありません、あしからず)


まずは、「PyMOL」を起動し、「Builder」モードに切り換えます。
「Builder」モードの切り替えは、「Builder」をクリックして行います。

pymol_20100509_201.jpg

元のモードに戻す場合は、「Builder」の左にある「Command」で元に戻ります。

「Builder」モードに切り替わると、ログが表示されていた部分に作成用の部品が表示されます。
作成用の部品は、「Chemical」と「Protein」で切り換え可能ですが、今回は「Chemical」を使用します。
作成するのは、簡単な分子なので、「Protein」だと大げさすぎますからね。

「Chemical」部品
pymol_20100509_202.jpg


「Protein」部品
pymol_20100509_203.jpg

どこから作り始めてもいいのですけど、CH3CHO は真ん中で「C」(炭素)同士が結合してますので、まずは「C」の結合部分を作ります。


「Chemical」部品には「C = C」(Enthylene)と言うのがあり、これが、「C」同士の結合ですので、この「C = C」を使います。
「C = C」をクリックします。
pymol_20100509_204.jpg

「PyMOL Viewer」上に新規のオブジェクト作成か既存への結合かの選択が表示されます。
今回は、新規で作成するので、「Create As New Object」をクリックします。
pymol_20100509_205.jpg

これで、「PyMOL Viewer」上に、「obj01」という新しいオブジェクトで、「C = C」で結合された分子が作成されます。
ちなみに、緑色が炭素原子、白色が水素原子になります。
(この状態では 「H」× 2 - 「C」 - 「C」 - 「H」× 2 になります)

このままでは、「C = C」の作成モードのままなので、「Done」をクリックし、「C = C」の作成モードを抜けます。

pymol_20100509_206.jpg


作成された「C = C」は「C」同士の結合が2本になってますが、実際は1本で結合しています。
ですので、1本の結合へ変更します。

「Chemical」部品に「|」(1本の縦棒、Single Bond)がありますので、「|」をクリックします。
pymol_20100509_207.jpg

「|」の入力モードに切り替わるので、「C」同士が結合されている結線をクリックし、結線を1本に変更します。

結線が1本に変更できたら、「|」の入力モードから抜けるため、「Done」をクリックします。
pymol_20100509_208.jpg

CH3CHO は1つが酸素原子と結合しています。
ですので、水素原子の1つを酸素原子に変更します。

「Chemical」部品の「O」(酸素原子)をクリックし、酸素原子の入力モードにします。
pymol_20100509_209.jpg

酸素原子の入力モードに切り替わるので、変更したい水素原子をクリックします。
水素原子が酸素原子(うちの環境では、色が赤)に変わったら、酸素原子の入力モードから抜けるため、「Done」をクリックします。
pymol_20100509_210.jpg


さて、CH3CHO では、酸素原子と炭素原子は2本の結線でつながってますので、2本の結線に変更しなければいけません。
炭素原子同士の結合を1本に変えたのと同様な手順で、結線を2本に変更します。
pymol_20100509_211.jpg

これで、CH3CHO は完成したはずです。


「PyMOL Viewer」で間違いが無いか確認しておきましょう。



【保存】
保存は「File」メニューから「Save Molecule...」で行います。
pymol_20100509_212.jpg

「Save Molecule...」を選択すると、どのオブジェクトを保存するかの選択が表示されるので、対象のオブジェクトを選択し、「OK」をクリックします。
pymol_20100509_213.jpg

保存先を選択するダイアログが表示されるので、保存先、ファイル名、ファイル形式を指定して、「Save」をクリックすれば、データを保存できます。
ファイル形式を「PDB」に指定すれば、「PDB」形式で保存されます。
pymol_20100509_214.jpg


これで、作成した分子を保存することができました。





作成、保存した「PDB」ファイルはフラットファイルなので、エディタなどでも見ることができますし、編集することもできます。

で、作成した分子はこんな感じww
pymol_20100509_215.jpg


pymol_20100509_216.jpg


う~ん、自分で作ると、何となく愛着がわいてくるのは私だけでしょうか。。。
二日酔い、悪酔いの原因でもある、「アセトアルデヒド」がかわいいように見えますww
(何の分子かが、分からなければ、キレイな絵ですからね)


バルーンアート(風船をねじったりして、犬とか花とか作る)のように、分子でアートしてみるのも面白いですよww
私は、お花とかを作ってたりします。。。
うちの「PyMOL」はお絵かきソフト化してます。。。><;



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